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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表现出很广的菌物灵活性，包含抗癌症和抗虫毒能力。一般，三萜是借助甲羟戊酸前提条件人工的，并从天然绿植绿植和真菌孢子中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的实验开题报告。该实验看见三萜类有机化合物虫草酸（GA）是经过药液培训的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物转换会有的。用转录组和营养素质组学的新技术进一个步骤思考无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT会有不同野生灵芝粉酸（GA）的规则，并给出两组学的新技术检查到的的不同DNA和的不同营养素，猜测DHT 怪物合成图片 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和能力划分类别

使用对无柄灵芝粉病菌菌丝体通过转录组测序共获取67230个转录本和1429九个单表观遗传。在这种单表观遗传中，49两个被亲子鉴定为性别差异描述表观遗传（DEGs），里面213个描述上涨，279个描述下跌（图1A）。GO聚集具体介绍后，DEGs分动物时（BP）、神经元材质（CC）和大分子功用（MF）3类。在BP品目中，显现了前三子品目：抗生素类溶解基础分解排泄率率时，乙酸盐基础分解排泄率率时和甲酸盐基础分解排泄率率时;而在CC品目中，神经元外区、突触黏结体、突触结构特征是前三亚类。对于那些MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、硫化呈现酶特异性和酸氨（或酰胺）相连接酶特异性是前三亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG环路具体介绍中，前30条聚集度非常高的环路中含27条是属于基础分解排泄率率，里面丁烷基础分解排泄率率、乙醛酸盐和二羧酸盐基础分解排泄率率、丙酸盐基础分解排泄率率数据信息环路有效聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功能表分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

根据对无柄虫草白色念珠菌菌丝体组织核高淀粉酶酶组学解析，大概判定了16,457种个性肽、2606种核高淀粉酶酶和2588种定量阐述核高淀粉酶酶。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立状态下，在这些2606种核高淀粉酶酶中，94种被司法鉴定为之间的关系展现核淀粉酶酶（DEPs），之中52种调涨，42种降低（图2A），图2C信息呈现信息了之间的关系展现核淀粉酶酶的聚类算法解析热图。从GO解析看来，BP行业类别信息呈现信息，通常数DEPs组织冰醋酸盐新陈神经細胞产生时、四环素浅析新陈神经細胞产生时和用药浅析新陈神经細胞产生时。CC类DEPs在神经細胞外区、过腐蚀的物酶体和微体中的基数为非常高，腐蚀的还原成酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的基数非常高（图2B）。与转录组结局相同，KEGG通道解析信息呈现信息，众多DEPs在新陈神经細胞产生中动物动物富集，之中3条最动物动物富集的有效途径是光合动物中的碳放置、碳新陈神经細胞产生和MAPK预警通道（图2D）。不仅如此，根据解析GO数据显示库的CC对DEPs组织亚神经細胞职位定位解析和批注（图2E），DEPs基本分布区在神经細胞质（40.66%）、神经細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），实际上是GAs动物自动合成的基本职位。

图2|蛋白酶质组的按量探讨和性能认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物变为和比较组得票数DEGs和DEPs制造了维恩图，有20个不同表述DNA（图3A）。对转录组和球胆固醇组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs实行聚类算法研究，找到mRNA和球胆固醇互相有14个调涨DNA和4个下降DNA，DEGs和它的讲述的DEPs表述的水平呈正相应的，通过Pearson的相应的指数研究，在转录组和球胆固醇组互相探测到相对来说较高的相应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）论文检测最后表现，E组和C组16个DEGs的形容水准不同偏态，当中9个为上涨DEGs，8个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容大趋势与转录多组分析最后高度。

图3|蛋白酶质组的化学发光法探讨和功效效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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