在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

科学研究最终结果

1、从光敏激发内部中抽取DNA交连蛋清质

要想脱离光热塑淀粉酶质-DNA组合物适用LC-MS深入研究分析，小编定制开发新一种转性纯化设计方案，可从DNA中去如果不是热塑淀粉酶质，仅在强光照时实施立即什么是基因组接触到聚集DNA热塑淀粉酶质。用TRIZOL提现脱色质并出掉落网获的非热塑淀粉酶，如果将其坏点重新熔化分解以实施RNase吸收。实施超声波剪截所得税淀粉酶质热塑DNA的提现物，在硫氰酸胍中烧开，然转性，并在二脱色硅离心力柱上激动洗洁以去如果不是热塑淀粉酶质随后完整。实施核酸酶清理从DNA中发挥光热塑淀粉酶，并实施胰淀粉酶酶吸收适用LC-MS深入研究分析。该办法命名大全为淀粉酶质热塑DNA提现或XDNAX。

图1.淀粉酶质化学交联DNA提炼或XDNAX操作程序流程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可真接触碰DNA的蛋清质图谱

将光交连方式app于MCF7血组织，察觉到了1,805种获选蛋清，在当中1,191种产生于3个或越来越多次抄袭中。60%的DNA充分的功效组有带核酸根据的GO注解，在匮乏核酸根据注解的蛋清质中，上限的突出贡献出自核纤层蛋清，再者是参予复染质策划 和血组织裂开的蛋清质（图2）。

图2 . 可随时碰触 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结范文了DNA充分间使用组所蕴含的胆固醇质-DNA用户界面以及其包函的核苷酸交连肽。这包涵可能（1）球状DNA整合起来结构特征域、（2）DNA 整合起来混乱区（IDR）和（3）可能与任何胆固醇质（列举组胆固醇整合起来胆固醇）、RNA（列举剪接指数公式）或相剥离 区室（列举核仁胆固醇）充分间使用而诱发的坏境贴近。

图3 . 可立即学习 DNA的空间结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量细胞核扰动前三天与DNA整合的转录要素

雌皮质荷尔蒙肾上腺素受体α（ESR1）驻落到胞质溶胶中，一直到遇见其配体，打断易位到内部核，在那边它与DNA组中的指定区域内区域内切合以修改密码指定区域内的转录方式。将血清饥饿的MCF7内部被暴露于高分子量雌皮质荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）44分鐘，与模拟仿真解决的對照内部非常植物的根的DNA完美用处组（图4A）。表中，雌皮质荷尔蒙刺激到后DNA完美用处组中的ESR1曾加了30倍（图4B）。总的的说，在1,814个酶联免疫法的蛋白质酶质-DNA完美用处中，约有9%显示信息出超过了2倍的正相关转变 ，并观察动物到与ESR1有着完美用处的蛋白质酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素正确处理乳腺纤维癌受损细胞 DNA 相互之间的功效组的化学发光法有点（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

学习开始基因遗传遗传组的核血清质含量以知道它是应该如何被读并付诸实践性的，老是是的探究工作员两个不断的需求。基因遗传遗传组可及性最主要的以DNA为中间的方向角施用学习，其实，到现有就行，脱色质凝露中的哪几个核血清质含量与DNA 发生了生物学共同的用途尚不知晓。施用零多远光交连，可出现DNA共同的用途组中的太许多核血清质含量，XDNAX技术性将对于核血清质含量-DNA共同的用途学习的整体实力强大专用工具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的球胆固醇组学、绘制组学、消化吸收组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

规范论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.